北交所股票交易综合费率约为成交金额的0.117%，核心由规费、印花税、过户费及券商佣金构成，其中规费（经手费）按0.125‰双边收取，印花税按0.5‰单边卖出收取，过户费按0.01‰双边收取，券商佣金默认万分之三至万分之六且无5元最低收费门槛。
北交所交易费率中，规费是核心固定成本，自2023年8月28日起，股票交易经手费由0.25‰下调至0.125‰双边收取，这是继2022年12月首次降费50%后的再次下调，直接降低了投资者的基础交易成本。相较于沪深A股，北交所规费标准更高，整体固定规费约万1.45，是沪深A股的近3倍，这也是北交所交易成本相对较高的主要原因。
印花税和过户费执行全国统一标准，印花税仅在卖出股票时按成交金额的0.5‰单边收取，买入时无需缴纳。过户费由中国结算公司收取，按成交金额的0.01‰双边收取，用于股份登记变更，这笔费用金额较低，对整体交易成本影响较小。对于币圈跨界投资者而言，需注意北交所无虚拟货币交易，仅交易合规上市股票，费率体系与加密货币交易所的手续费模式完全不同。
券商佣金是唯一可协商的费用项，北交所佣金最高不超过成交金额的3‰，默认费率多为万分之三至万分之六，大资金或高频交易者可协商至万分之二甚至更低。与沪深A股不同，北交所佣金无单笔5元最低收费限制，按实际成交金额比例收取，这对小额交易者更为友好。多数券商将规费包含在“全佣”报价中，投资者开户前需确认佣金是否包含规费，避免隐性成本。
以10万元成交金额为例，买入时费用约为佣金30元+过户费1元+经手费12.5元=43.5元；卖出时费用约为佣金30元+过户费1元+经手费12.5元+印花税50元=93.5元，买卖一次合计成本约137元，综合费率约0.117%。对于币圈习惯低费率的用户，北交所整体费率高于主流加密货币交易所，但合规性和监管保障更强，适合偏好权益类资产的投资者。
